IFN?系統(tǒng)是魚類抵御病原入侵的第一道防線。我們發(fā)現(xiàn)?RIG-I?樣受體信號通路中上游的模式識別受體?LGP2?存在正負調(diào)控，并解析了?IFN?轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子?IRF1、IRF3?和?IRF7以及下游效應(yīng)分子?Gig1?和?Gig2在魚類抗病毒感染中的重要作用及其機制；張永安研究員團隊解析了魚類?I?型?IFN?負調(diào)控的作用機制，發(fā)現(xiàn)草魚?GCRV?的?VP41?蛋白能夠抑制?RIG-I?和?MITA?對?IFN?的激活，并能夠與?TBK1?和?MITA?相互作用，競爭性地抑制?TBK1?對?MITA?的磷酸化；篩選了?5?個草魚?I?型和?II?型?IFN?基因的優(yōu)異等位變異位點。同時，聶品團隊發(fā)現(xiàn)?PGRP6?及其剪接異構(gòu)體是一類廣譜的抗微生物功能蛋白，解析并驗證了?NOD1/RIP2?介導(dǎo)?MHC?抗原提呈的信號通路可作為分子標(biāo)記選擇的分子模塊。

在水環(huán)境保護和生態(tài)文明建設(shè)的新形勢下，“集約化”“工廠化”養(yǎng)殖將成為我國水產(chǎn)養(yǎng)殖發(fā)展的一個重要方向。2018?年，我國農(nóng)業(yè)農(nóng)村部遴選的?6?項水產(chǎn)主推技術(shù)就包括淡水工廠化循環(huán)水健康養(yǎng)殖技術(shù)。水體中的溶氧是制約工廠化養(yǎng)殖水產(chǎn)品產(chǎn)量提高的一個限制因素。鯽是最耐低氧的魚類之一，不同銀鯽克隆系對低氧的耐受能力存在差異。肖武漢團隊首先通過轉(zhuǎn)錄組分析了具有不同低氧耐受能力的銀鯽克隆系的基因表達差異，構(gòu)建了魚類耐低氧的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，篩選到?foxo3b、tet1、set9、fih等與魚類低氧耐受相關(guān)的分子模塊。與野生型相比，foxo3b、tet1?或?hif-3a?敲除魚對低氧更為敏感；而fih敲除魚對低氧具有更強的耐受能力。他們的研究還揭示，foxo3b通過直接轉(zhuǎn)錄調(diào)控?E3?泛素連接酶復(fù)合體成員?vhl?的表達抑制低氧信號轉(zhuǎn)導(dǎo)通路；Tet1?主要通過與?PHD2?相互競爭，阻止?PHD2?與?HIF-2α?的結(jié)合從而穩(wěn)定有氧條件下?HIF-2α?的蛋白量，增強低氧信號轉(zhuǎn)導(dǎo)通路。同時，他們通過比較耐低氧與低氧敏感銀鯽克隆系，鑒定了這些分子模塊上與低氧耐受相關(guān)的優(yōu)異等位變異。

異育銀鯽是我國重要的大宗淡水養(yǎng)殖魚類之一。隨著異育銀鯽、高體型異育銀鯽和異育銀鯽“中科?3?號”等優(yōu)良品種的培育成功及大規(guī)模推廣養(yǎng)殖，全國鯽產(chǎn)量已從?1983?年的?4.8?萬噸增至?2016?年的?300?萬噸。銀鯽由于其六倍體的遺傳背景，當(dāng)用其他魚類的精子與銀鯽卵子受精時，銀鯽具有將其他魚類精子的染色體組、染色體片段或微量遺傳物質(zhì)整入到卵核中協(xié)同發(fā)育的能力。我們利用銀鯽這一獨特能力，輔以授精后的冷休克處理以整入更多異源父本染色體或者染色體片段，篩選獲得了整入有團頭魴父本遺傳信息、性狀發(fā)生明顯改變的個體作為育種核心群體。以生長優(yōu)勢和隆背性狀為選育指標(biāo)，用興國紅鯉精子刺激進行?10?代雌核生殖擴群，同時基于基因組?reads?測序深度比較策略鑒定了滲入到候選高產(chǎn)鯽的團頭魴分子模塊，利用這些分子模塊篩選鑒定繁育親本，培育出異育銀鯽“中科?5?號”。接著，針對目前魚粉價格高導(dǎo)致養(yǎng)殖成本增加，以及出血病和孢子蟲病暴發(fā)頻繁等現(xiàn)狀和問題，開展小試、中試和生產(chǎn)性對比試驗，評估投喂低蛋白、低魚粉飼料時異育銀鯽“中科?5?號”和主養(yǎng)品種“中科?3?號”的生長差異，以及它們對鯽皰疹病毒和黏孢子蟲的抗性差異。結(jié)果表明，異育銀鯽“中科?5?號”生長速度快，抗病能力強。在相同養(yǎng)殖條件下，與主養(yǎng)品種異育銀鯽“中科?3?號”相比，投喂低蛋白（27%）、低魚粉（5%）含量飼料時，“中科 5 號”1?齡魚的生長速度平均提高?18.20%；感染鯽皰疹病毒時存活率平均提高?12.59%；養(yǎng)殖過程中對體表黏孢子蟲病有一定的抗性，成活率平均提高?20.98%。此外，“中科?5?號”6?月齡和?18?月齡時肌間骨總數(shù)分別減少?9.47%?和?4.45%。